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Translationale Forschungsplatform Darm-Mikrobiom

Abb: Links: Wir verwenden Anaerobierzelte (Coylab) für die Charakterisierung und Kultivierung von obligat anaeroben Bakterien des Darmmikrobioms. Eine wichtige Expertise des Labors ist die Entwicklung und Anwendung von synthetischen Bakterienkonsortien wie das Oligo-MM12 Modell für funktionelle Mikrobiomforschung in vitro und im Tiermodell. Rechts. Das Max von Pettenkofer-Institut besitzt eine eigene keimfreie Maushaltung. Keimfreie und gnotobiotische Mauslinien werden in flexible-film Isolatoren (North Kent Plastics Cages) gezüchtet. Für BSL2 Infektionsexperimente werden Mikroisolatoren verwendet (nicht gezeigt).

Um Bakterien in komplexen mikrobiellen Konsortien zu identifizieren, welche protektive Eigenschaften gegen Infektionen aufweisen, wenden wir einen mehrstufigen Ansatz an: Mittels vergleichender Mikrobiomanalyse von suszeptiblen und protektiven Mikrobiomen bestimmen wir genomische und metabolische Signaturen, welche mit Protektion gegen Infektionen korrelieren. Um Kausalität zu zeigen und weitere funktionelle Analysen durchzuführen, verwenden wir synthetische Bakterienkonsortien und gnotobiotische Infektionsmodelle (gr: gnotos = “bekannt”), funktionelle Genomik, mikroskopische Methoden sowie eine Hochdurchsatz-Phänotypisierung.

  

Drittmittel:

German Center of Infection Research (DZIF); https://www.dzif.de

DFG Priority Programme SPP1656; http://www.intestinal-microbiota.de/

DFG Collaborative Research Center CRC 1371; https://www.sfb1371.tum.de/

European Research Council

  

Ausgewählte Publikationen

Herp S, Brugiroux D, Garzetti D et al(2019) Mucispirillum schaedleri protects mice against non-typhoidal Salmonella colitis by interfering with virulence factor expression. Cell, Host & Microbe 25/5

Brugiroux S, Beutler M, Pfann C, et al. (2016) Genome-guided design of a defined mouse microbiota that confers colonization resistance against Salmonella enterica serovar Typhimurium. Nat Microbiol 2: 16215.

Lagkouvardos I, Pukall R, Abt B, et al. (2016) The Mouse Intestinal Bacterial Collection (miBC) provides host-specific insight into cultured diversity and functional potential of the gut microbiota. Nat Microbiol 1: 16131.

Stecher B, Berry D & Loy A (2013) Colonization resistance and microbial ecophysiology: using gnotobiotic mouse models and single-cell technology to explore the intestinal jungle. FEMS Microbiol Rev 37: 793-829.

Stecher B, Robbiani R, Walker AW, et al. (2007) Salmonella enterica Serovar Typhimurium Exploits Inflammation to Compete with the Intestinal Microbiota. PLoS Biol 5: e244.

 

Presse

April 23, 2019. https://www.dzif.de/de/salmonellen-infektion-schuetzende-darmbakterien-identifiziert

November 22, 2016. https://www.uni-muenchen.de/forschung/news/2016/stecher_darmflora.html